San Josè del Palmar se encuentra situado al Sur Este del Chocó, en los limites de los departamentos de Risaralda y Valle del Cauca; Comparte con los departamentos limítrofes dos Ecosistemas de Gran Importancia, El parque Nacional Natural de Tatamà y la Serranía de los Paraguas donde se localizan los bosques de niebla de Galápagos y el cerro Torrá. En los montes de niebla de Galápagos se encuentran numerosas bromelias, platanillos, uvas de monte, laureles, bambú, palmas de diferentes especies, el trompetero y el pino colombiano, estas dos últimas son especies que en la actualidad existen sólo en el norte de Sudamérica

Así mismo, son el hábitat del oso de anteojos, la comadreja colombiana y venados. En la zona del cerro Torrá, además del oso de anteojos, se encuentran el colibrí de cuello blanco y existen gran variedad de flores exóticas como orquídeas y bromelias. Además, hay una gran área de selva no intervenida. Estas dos zonas conforman con la del Parque Nacional Natural de Tatamá un corredor ecológico muy importante que conecta el andén pacífico con la zona andina.

El territorio actual fue poblado inicialmente por el grupo indígena Embera Chamí, quienes aún tienen su representación en el municipio.

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